سال ۱۹۰۱ در بیستونهمین ولایت امپراتوری روبهزوال عثمانی، جزیرهی مینگر، طاعون شایع میشود. پادشاه عبدالحمید برای جلوگیری از شیوع طاعون از مینگر به اروپا، سربازرس بهداشت و سلامت، بونکوفسکی پاشا، و پس از او دکتر نوری جوان ولی باتجربه را که بهتازگی با برادرزادهی پادشاه، پاکیزهسلطان، ازدواج کرده، به جزیره میفرستد. پاکیزهسلطان دختر پادشاه قبلی، مراد پنجم، است و کل زندگیاش را در کاخ زندانی بوده؛ بههمراه پدر و خواهران و برادر و زنان حرمسرا و حالا برای اولین بار از کاخ بیرون میآید و بههمراه همسرش به مینگر میرود. در جزیره، سرگرد جوان و میهنپرستی به نام کامیل که عاشق دختری به نام زینب میشود، با والی جزیره، سامی پاشا، و دکتر نوری همپیمان میشود برای مبارزه با طاعون، سنتهای غلط، خانقاههای عصیانگر، تندروهای مذهبی و آنانی که قدرت علم و ضرورت قرنطینه را باور ندارند. شبهای طاعون حکایت عشق و دلدادگی، کوشش و مبارزه، امیدواری و ناامیدی، میهنپرستی و تلاش برای زندهماندن در تاریکترین روزهای مینگر است.