ماجرای مرشد و مارگریتا دقیقا داستان زندگی خود نویسنده است. داستان بهصلیبکشیدن مسیح در زمان پونس پیلات، فرمانروای رُمی یهودا، آیینهی تمامنمای دوران سیاه حکمرانی استالین و کشتارهای دستهجمعی مخالفان بهویژه هنرمندان، روشنفکران و دگراندیشان است. بولگاکف برای گریز از تیغ سانسور به این استعاره متوسل میشود. پای مسیح و پونس پیلات و کوردلان متعصب یهود را بهمیان میکشد. بهمیانکشیدن پای جادوگر سیاه و دستیارانش، یعنی شیطان و مریدانش، آمدنش به مسکو و بهپاکردن آشوبهای فراوانی که باعث کشتار، دستگیری و زندانیشدن افراد زیادی شد، در واقع نماد مکتب کمونیست است که هفتاد سال نیمی از دنیا را به خاکوخون کشید. عشق میان مرشد و مارگریتا هم در زندگی نویسنده پدید آمد، عشق در فضای رعب و وحشت با همهی تلخکامیها و شکنجههایش.
داستان با همصحبتی و قدم زدن دو روشنفکر لاییک و رسمی در یکی از پارکهای مسکو آغاز میشود: یکی میخاییل الکساندر، یا همان برلیوز نویسندهای مشهور و سردبیر یکی از مجلههای وزین ادبی پایتخت و رئیس کمیته مدیریت یکی از محافل ادبی مسکو و دیگری جوان شاعری به نام ایوان نیکولاییچ پونیریف که با نام مستعار بزدومنی شناخته میشود. برلیوز بهنوعی نماینده روشنفکران رسمی و صاحب باند و باندبازیهای ادبی است که محافل مافیایی ادبی راه میاندازند و اندیشهای سطحی و تکبعدی دارند و دگراندیشان را مجال رشد و نمو و شکوفایی نمیدهند و تنها به آنان که مرید و سرسپردهشان باشند اجازه فعالیت میدهند و دیگران را زیر پا له میکنند، شعر و آثار سفارشی میپذیرند و شبکهای تار عنکبوتی در تمام نشریات مهم و سرشناس تنیدهاند.
سایه این روشنفکران و نویسندگان رسمی بر تمام عرصه ادبی و محافل نویسندگی سنگینی میکند و نگاه تحمیلیشان در همه جا گستردهاست. یکی از قربانیان این باندهای مافیایی، قهرمان این رمان یعنی مرشد است که در فصلهای بعدی رمان ظاهر میشود و میبینیم که این حضرات ریش و سبیلدار چه بلایی به سر او با آنهمه خلاقیت و عشق و شور آوردهاند.